From 5fc6d58b28d659d31b683106f470e2957ef7b59d Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: mkirsz <s1351949@sms.ed.ac.uk>
Date: Wed, 18 Dec 2024 16:36:19 +0000
Subject: [PATCH] Zi Zj for all calcs
---
ML-TADAH/pair_tadah.cpp | 31 ++++++++++++++++---------------
1 file changed, 16 insertions(+), 15 deletions(-)
diff --git a/ML-TADAH/pair_tadah.cpp b/ML-TADAH/pair_tadah.cpp
index ec3e1ec..db13f42 100644
--- a/ML-TADAH/pair_tadah.cpp
+++ b/ML-TADAH/pair_tadah.cpp
@@ -196,7 +196,7 @@ void PairTadah::compute_2b_mb_half(int eflag, int vflag)
int Zj = lt->Z[type[j]-1];
if (lt->S.d2b->get_rcut() > rij) {
- lt->S.d2b->calc_aed(Zj,rij,rij_sq,lt->aeds.col(i),0.5);
+ lt->S.d2b->calc_aed(Zi,Zj,rij,rij_sq,lt->aeds.col(i),0.5);
if (newton_pair || j < nlocal) {
lt->S.d2b->calc_aed(Zi,rij,rij_sq,lt->aeds.col(j),0.5);
@@ -204,10 +204,10 @@ void PairTadah::compute_2b_mb_half(int eflag, int vflag)
}
if (lt->S.dmb->get_rcut() > rij) {
- lt->S.dmb->calc_rho(Zj,rij,rij_sq,delij,lt->rhos.col(i));
+ lt->S.dmb->calc_rho(Zi,Zj,rij,rij_sq,delij,lt->rhos.col(i));
if (newton_pair || j < nlocal) {
- lt->S.dmb->calc_rho(Zi,rij,rij_sq,-delij,lt->rhos.col(j));
+ lt->S.dmb->calc_rho(Zi,Zj,rij,rij_sq,-delij,lt->rhos.col(j));
}
}
}
@@ -272,7 +272,7 @@ void PairTadah::compute_2b_mb_half(int eflag, int vflag)
int Zj = lt->Z[type[j]-1];
if (lt->S.d2b->get_rcut() > rij) {
- lt->S.d2b->calc_dXijdri(Zj,rij,rij_sq,fd);
+ lt->S.d2b->calc_dXijdri(Zi,Zj,rij,rij_sq,fd);
}
if (lt->S.dmb->get_rcut() > rij) {
@@ -373,11 +373,11 @@ void PairTadah::compute_2b_mb_full(int eflag, int vflag)
double Zj = lt->Z[type[j]-1];
if (lt->S.d2b->get_rcut() > rij) {
- lt->S.d2b->calc_aed(Zj,rij,rij_sq,lt->aeds.col(i),0.5);
+ lt->S.d2b->calc_aed(Zi,Zj,rij,rij_sq,lt->aeds.col(i),0.5);
}
if (lt->S.dmb->get_rcut() > rij) {
- lt->S.dmb->calc_rho(Zj,rij,rij_sq,delij,lt->rhos.col(i));
+ lt->S.dmb->calc_rho(Zi,Zj,rij,rij_sq,delij,lt->rhos.col(i));
}
}
}
@@ -419,6 +419,7 @@ void PairTadah::compute_2b_mb_full(int eflag, int vflag)
jlist = firstneigh[i];
jnum = numneigh[i];
+ int Zi = lt->Z[type[i]-1];
for (jj = 0; jj < jnum; jj++) {
fd.set_zero();
j = jlist[jj];
@@ -432,11 +433,11 @@ void PairTadah::compute_2b_mb_full(int eflag, int vflag)
int Zj = lt->Z[type[j]-1];
if (lt->S.d2b->get_rcut() > rij) {
- lt->S.d2b->calc_dXijdri(Zj,rij,rij_sq,fd,0.5);
+ lt->S.d2b->calc_dXijdri(Zi,Zj,rij,rij_sq,fd,0.5);
}
if (lt->S.dmb->get_rcut() > rij) {
- lt->S.dmb->calc_dXijdri(Zj,rij,rij_sq,delij,lt->rhos.col(i),fd);
+ lt->S.dmb->calc_dXijdri(Zi,Zj,rij,rij_sq,delij,lt->rhos.col(i),fd);
}
// copy 2b descriptors first and
@@ -679,12 +680,12 @@ void PairTadah::compute_dimers(int eflag, int vflag)
// Compute densities for every atom.
for (int n=Nstart; n<6; ++n) {
if (lt->initmb && lt->S.dmb->get_rcut() >= r[n]) {
- lt->S.dmb->calc_rho(1,r[n],r_sq[n],delM.row(n),lt->rhos.col(midx[n].first));
- lt->S.dmb->calc_rho(1,r[n],r_sq[n],-delM.row(n),lt->rhos.col(midx[n].second));
+ lt->S.dmb->calc_rho(1,1,r[n],r_sq[n],delM.row(n),lt->rhos.col(midx[n].first));
+ lt->S.dmb->calc_rho(1,1,r[n],r_sq[n],-delM.row(n),lt->rhos.col(midx[n].second));
}
if (lt->init2b && lt->S.d2b->get_rcut() >= r[n]) {
- lt->S.d2b->calc_aed(1,r[n],r_sq[n],lt->aeds.col(midx[n].first));
- lt->S.d2b->calc_aed(1,r[n],r_sq[n],lt->aeds.col(midx[n].second));
+ lt->S.d2b->calc_aed(1,1,r[n],r_sq[n],lt->aeds.col(midx[n].first));
+ lt->S.d2b->calc_aed(1,1,r[n],r_sq[n],lt->aeds.col(midx[n].second));
}
}
@@ -712,13 +713,13 @@ void PairTadah::compute_dimers(int eflag, int vflag)
int I=IJ[midx[n].first];
int J=IJ[midx[n].second];
if (lt->init2b && lt->S.d2b->get_rcut() > r[n]) {
- lt->S.d2b->calc_dXijdri(1,r[n],r_sq[n],fdIJ);
+ lt->S.d2b->calc_dXijdri(1,1,r[n],r_sq[n],fdIJ);
}
if (lt->initmb && lt->S.dmb->get_rcut() > r[n]) {
- lt->S.dmb->calc_dXijdri(1,r[n],r_sq[n],delM.row(n),
+ lt->S.dmb->calc_dXijdri(1,1,r[n],r_sq[n],delM.row(n),
lt->rhos.col(midx[n].first), fdIJ);
- lt->S.dmb->calc_dXijdri(1,r[n],r_sq[n],-delM.row(n),
+ lt->S.dmb->calc_dXijdri(1,1,r[n],r_sq[n],-delM.row(n),
lt->rhos.col(midx[n].second), fdJI);
}
--
GitLab