Merge pull request #693 from giacomofiorin/colvars-update

doc/src/PDF/colvars-refman-lammps.pdf

lib/colvars/Makefile.common

lib/colvars/Makefile.deps

lib/colvars/colvar.cpp

lib/colvars/colvar.h

lib/colvars/colvar_UIestimator.h

lib/colvars/colvaratoms.cpp

lib/colvars/colvaratoms.h

lib/colvars/colvarbias.cpp

lib/colvars/colvarbias.h

lib/colvars/colvarbias_abf.cpp

lib/colvars/colvarbias_abf.h

lib/colvars/colvarbias_meta.cpp

lib/colvars/colvarbias_meta.h

lib/colvars/colvarbias_restraint.cpp

lib/colvars/colvarbias_restraint.h

lib/colvars/colvarcomp.h

lib/colvars/colvarcomp_coordnums.cpp

lib/colvars/colvarcomp_distances.cpp

lib/colvars/colvardeps.cpp