.gitignore

.gitlab-ci.yml

README.md

environment.yml

pipeline/inputs.nf

pipeline/lib/PipelineException.groovy

pipeline/main.nf

pipeline/validation.nf

tests/.gitignore

tests/assets/bcbio/bcbio_template.yaml

tests/assets/input_data/.gitignore

tests/assets/input_data/Readme.md

...s/input_data/Twist_Exome_RefSeq_targets_hg38.plus15bp.bed

...922_A00001_0001_BHNTGMDMXX_1_00001AM0001L01_1.fastq.count

...200922_A00001_0001_BHNTGMDMXX_1_00001AM0001L01_1.fastq.gz

...922_A00001_0001_BHNTGMDMXX_1_00001AM0001L01_2.fastq.count

...200922_A00001_0001_BHNTGMDMXX_1_00001AM0001L01_2.fastq.gz

...922_A00001_0001_BHNTGMDMXX_2_00001AM0001L01_1.fastq.count

...200922_A00001_0001_BHNTGMDMXX_2_00001AM0001L01_1.fastq.gz

...922_A00001_0001_BHNTGMDMXX_2_00001AM0001L01_2.fastq.count